أنشئت بلدية فلج المعلا في عام 1978م كدائرة تابعة لدائرة بلدية أم القيوين . وقد تم فصل بلدية فلج المعلا عن بلدية أم القيوين لتعمل مستقله بموجب قرار رقم 16 لعام 2008 الصادر من صاحب السمو الشيخ سعود بن راشد المعلا في 29 من ديسمبر 2008 الموافق 2 محرم 1429هـ.